作物单一化种植也威胁着当地的生态平衡。杂交品种的高产通常需要使用大量化肥农药。一方面，高昂的投入成本加剧了小农的竞争劣势和社会不平等，另一方面，土壤中的有机质也大大减少，多样性的农田生态系统也遭到破坏。